Die Bootsmannspfeife war einst das einzige Mittel außer der menschlichen Stimme zur Befehlserteilung an Bord.

Heute gibt es andere, verfeinerte Kommunikationssysteme, aber viele Marine-Mannschaften der Welt benutzen aus Tradition die Bootsmannspfeife als ein Zeichen des Respekts, wenn der Kapitän oder besondere Gäste an Bord kommen, oder wichtige Befehle erteilt werden. Der Bootsmann war verantwortlich für die Segelmanöver, deshalb mußte er häufiger als jeder andere Offizier Befehle weiterleiten. Die Pfeife wurde deshalb nach ihm benannt. In alten Tagen waren die Matrosen gedrillt wie die Schiffshunde und ragierten sofort auf den Pfeifton. Auf See, in Minuten der Gefahr - besonders bei Sturm - konnten sie den hochfrequenten Ton der Pfeife hören und dem ohne Verzögerung folgen. Befehle, wie etwa Segel hissen, Lunten der Kanonen zu löschen, Klar bei Hängematten etc., wurden durch verschiedene Varianten der Töne vermittelt.

Es ist bekannt, dass die Sklaven im der Römer oder die Ruderer der griechischen Trieren nach einer Pfeife - ähnlich der Bootsmannspfeife - ihre Arbeit verrichteten. Die Bootsmannspfeife wurde in ihrer heutigen Form zuerst im 13. Jahrhundert während der Kreuzzüge auf englischen Schiffen gebraucht. Richtig bekannt wurde sie aber erst um 1670, als der "Lord High Admiral of the Navy" eine goldene Pfeife als Rangabzeichen trug. Diese Pfeife ist als "Whistle of Honour" in die Geschichte eingegangen.

Die bekannteste Anwendung der Bootsmannspfeifen ist "Seite pfeifen", das Zeichen des Respekts. Es geschieht, wenn hohe Marine-Offiziere oder wichtige Gäste an Bord kommen oder aber das Schiff verlassen. Im Hafen oder anderen Landstützpunkten wird sonst nie gepfiffen. Dieser Brauch hat seinen Ursprung aus den Zeiten, als Kapitäne noch Besuche auf anderen Schiffen auf hoher See zu machen pflegten. Bei solchen Gelegenheiten wurden diese Kapitäne in einem Stuhl mit Hilfe von Seilen aus ihren Booten an Deck gezogen. Die Kommandos dazu wurden mit der Bootsmannspfeife gegeben.
Heute ist die Benutzung der Bootsmannspfeife nur noch auf einigen Ausbildungsschiffen zu beobachten.